Det står klart att vårt preparat innehållit insertet LL37, eftersom vår probe var tillverkad specifikt för att binda till just denna sekvens. Hade proben bundit ospecifikt skulle vi sett färg i de tomma kolumner där DNA-markörerna fanns, alternativt över hela pappret om prehybridiseringen misslyckats.
Trots att denna process gav oss ett mer otvetydigt resultat än PCR, lutar jag dock åt PCR som den mer generellt användbara metoden. Båda innehåller trots allt många steg som kan gå fel, och resultatet hade lika gärna kunnat bli det motsatta. Risken att PCR-provet ska innehålla en annan DNA-sekvens som primers lyckats ospecifikt binda till och som råkar vara av ungefär rätt storlek är inte särskilt stor, så även om det finns en fördel med en specifik probe är den i allmänhet inte avgörande. PCR är en såpass mycket snabbare och mindre invecklad metod att den i de flesta fall bör vara förstahandsvalet. Där finns ju också möjligheten att kvantifiera genom realtids-PCR. Båda metoderna är dock mycket bra för att detektera även mycket små mängder av den sökta DNA-sekvensen.
Det viktigaste jag lärt mig under denna fyradagarslaboration är dels betydelsen av tidsplanering, speciellt när många olika steg innehåller väntetider, dels hur lätt ett misstag kan förstöra allt och hur viktiga noggrannhet och försiktighet alltså är. Rent praktiskt kan förstås också nämnas att jag lärt mig hur inmärkning av en probe går till.
Hej Alma!
SvaraRaderadu har gjort en mycket bra jämförelser av de två metoderna.
Märit