Dag 2 ägnades främst åt att via PCR kontrollera ifall vår plasmid-DNA faktiskt innehöll insertet LL37. Provet amplifierades, och genomgick en elektrofores i agarosgel. Resultatet blev inte som önskat - visserligen syntes ett tydligt band på rätt ställe i den kolumn där vi laddat vårt DNA, men även den negativa kontrollen visade ett band där. Detta band var såpass mycket svagare att det är frestande att säga att trots detta exempel på en carry-over kontamination kan man anta att provet faktiskt innehöll LL37. Hade det gällt ett patientprov hade resultatet dock varit oanvändbart.
Källan till vår carry-over kontamination var relativt lätt att identifiera efter någon minuts fundering. Vi hade helt enkelt inte använt filterspets vid pipettering av vattnet ner i den negativa kontrollen. En diskussion hade tidigare ägt rum om huruvida denna pipettering skulle ske i det rena rummet, eller där vi tillsatte vårt plasmidpreparat till det egentliga provet. Jag vidhåller att det är bättre att det sker under samma förhållanden; även plasmidpreparatet tillsattes ju utan filterspets (eftersom ingen sådan fanns på det ställe vi befann oss, och ingen av oss tänkt på att ta med oss några) och en carry-over i bara det provet hade ju gett ett falskt positivt resultat samtidigt som den negativa kontrollen då hade varit carry-overfritt och alltså indikerat att resultatet var korrekt.
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar